Mikroskop (yunanca  “mikros ” – kiçik, " skopeo ” – görürəm sözlərindəndir) gözlə görünməyən kiçik obyektlərin və onların hissələrinin nəzərdən keçirilməsini təmin edən optik cihazdır.

Əyri səthlərin bir sıra optik xüsusiyyətlərə malik olması hələ çox qədim zamanlardan Evkilid (Miladdan öncə 300) və Ptolomeyə ( Miladdan öncə 127 – 151 ) də məlum idi. Lakin mikroskopun ixtirası XVI – XVII əsrlərdə optikanın sürətli inkişafından sonra mümkün oldu. XVI əsrdə Leonardo da Vinçi göstərdi ki, kiçik obyektləri lupanın köməyi ilə daha yaxşı görmək mümkündür.

1590 – cı ildə niderlandlı Zaxari və Hans Yansenlər ilk mikroskopu düzəltdilər. Bu cihaz borunun içərisinə yerləşdirilmiş iki linzadan ibarət idi: onlardan biri görüntünü, digəri isə böyüdülmüş görüntünü təkrar böyüdür. Yansenlərin mikroskopu 3 dəfədən 10 dəfəyədək böyütmə qabiliyyətinə malik idi.

Görkəmli ingilis fiziki və botaniki Robert Huk ( 1635-1703 ) 1674-cü ildə daha güclü böyüdücü cihaz yaratdı. O öz mikroskopunda nazik mantar kəsiyinə baxarkən onun arı pətəyinə oxşar ayrı-ayrı gözcüklərdən təşkil olduğunu gördü və onu "hüceyrə” adlandırdı.

Niderlandlı Antoni van Levenhuk (1632-1723) atası və babası kimi yun alveri ilə məşğul olurdu. Lakin Levenhukun elmi axtarışları olmasaydı, bu gün adi bir taciri heç kim yada salmazdı. Levenhuk hər gün boş vaxtlarında yaşadığı evin arxa otağında oturub qapını bağlayırdı ki, heç kəs ona mane olmasın. Burada o, böyüdücü şüşələri – linzaları cilalayır və onların köməyi ilə ağac qabığına, bitkilərin yarpaqlarına baxırdı. Bir gün qabarıq linzanın altında gölməçədən götürülmüş bir yağış damcısına baxarkən, onun qarşısında bütöv bir canlı aləm açıldı. Burada – kiçik bir damcıda külli miqdarda xırda "heyvanlar” yaşayırdı. Bəziləri dəyirmi, bəzilər isə vintşəkilli idi. Levenhuk gördüklərinin hamısını ətraflı surətdə təsvir etdi və dəqiq şəkillərini çəkdi.

Levenhuk insanlara məlum olmayan, lakin təbiətdə və insan həyatında mühüm rol oynayan canlı aləmi – mikroorqanizmləri kəşf etdi. Niderlandlı yun alverçisinin kəşfləri Avropanın məşhur alimlərinin marağına səbəb oldu. London Kral Cəmiyyətinin (İngiltərə Elmlər Akademiyası), üzvləri dahi İsaak Nyutonun özü və məşhur fizik Robert Boyl Levenhukun məlumatlarına diqqətlə qulaq asırdılar. Əvvəllər də gözlə görünməyən və təhlükəli yoluxucu xəstəliklərə səbəb olan sadə varlıqların mövcudluğu haqqında fikirlər söylənmişdi. Lakin Levenhuk mikrobları gözlə görən ilk alim idi. Əlbəttə bu, hələ mikroskop deyildi. Bir neçə linzadan ibarət olan mürəkkəb cihazlar-mikroskoplar sonralar kəşf edilmişdi. Levenhukun "mikroskop” u isə əslində 300 dəfə böyüdə bilən çox güclü lupa idi.

1933-cü ildə alman alimi Maks Kroll və Ernst Ruska elektron mikroskopu ixtira etdilər. Bu mikroskopun vasitəsi ilə ən kiçik zərrəcikləri belə görmək mümkündür.