Göy-Göl ərazisində ümumilikdə 19 göl var. Onlardan yeddisi böyük göllər sırasına daxildir. Ən böyüyü Göy-göldür. Göy-göl dəniz səviyyəsindən 1556 metr yüksəkliyində yerləşir. Uzunluğu 2800 metrdir. Eni 800 metrdən 1000 metrə qədərdir. Dərinliyi 96 metrdir. Gölün görünmə qabiliyyəti 8-10 metrdir. 29-31 metr arasında oksigen var. 31 metrdən sonra kükürdlü təbəqədir. Ərazisində 423 növ ağac və kol, dərman bitkiləri var. 76 növü ağac və kol, qalanları çəmən örtüyüdür.
Ərazidə maral, cüyür, ayı, çöl qabanı, dağ keçisi, canavar, tülkü, caqqal, porsuq, oxatan kirpi, cöl pişiyi, vaşaq var. Göldə ‘farel’ balığı da yaşayır.

Maralgöl-eni və uzunu 1 km-ə qədərdir. Dərinliyi 97 metrdir. Su oksigenlə zəngindir və farel balığının saxlanması mümkündür.

Zəli gölü-eni bəzi yerlərdə 500 metr, bəzi yerlərdə isə 400 metrdir. Dərinliyi 16 metrdir. Qamışlıqdan ibarətdir. İçməli su kimi istifadə oluna bilməz.

Qara göl- ərazisi 3 hektara yaxındır. Dərinliyi 16 metrdən 24 metrə qədərdir. Kəpəz dağının dağılmış çınqılları ərazisindədir. Göl bir tərəfindən nadir Eldar şamı meşəsi, digər tərəfdən isə qarışıq enli yarpaqlılarla əhatə olunub. Çöl heyvanlarının ən çox məskunlaşdığı ərazidir.

Güzgü gölü- iki hövzədən ibarətdir. Sahəsi 1 hektardır. Dərinliyi 6-8 metrdir. Qayalıq ərazisində dərinliyi 10 metrdən 16 metrə qədərdir. Dibində olan bütün daşlar görülür. İçərisinə atılan əşya 5-6 dəfə böyüyür. Onun üçün də bu göl “Güzgü gölü” adlanır. Meşəliyin arasında olan göl gün işığı düşdüyü zaman parıldayır. Adının “Güzgü gölü” olmasının bir səbəbi də budur.
Cilli göl-bataqlıq gölüdür. Bütün otlar suyun altında qaldığına görə Cilli göl adlanır.

Üç göllər-Murov dağı yüksəkliyində yerləşir. Ümumi sahəsi 8 hektara yaxındır. Dəniz səviyyəsindən yüksəkliyi 2800 metrdir.
Bundan başqa Gəncə ətrafında xırda: Çoban gölü, Ayı gölü, Bataqlıq gölü də var.