Su mənbələri müxtəlifdir. Mənbələr fərqli olduğu kimi, onların mikroflorası da fərqlidir.
Təbii su mənbələri öz-özünü tənzimləmə xüsusiyyətinə malikdir. Bu proses müxtəlif fiziki, kimyəvi və bioloji amillərdən asılıdır. Tənzimləmənin getməsinə baxmayaraq, su hövzələri bir çox mikroorqanizmlər üçün əsl yaşayış mühiti olur. Bunların içərisində torpaq mikroorqanizmlərinə, bağırsaq mikroflorasının nümayəndələrinə rast gəlinir. Bəzi bağırsaq mikroorqanizmləri (enterokoklar*) suda fəaliyyətlərini bir neçə gün saxladıqları halda, bəziləri isə həftələr və aylarla davam etdirir. Buna görə də suda olan mikroorqanizmlərin növlərinə və miqdarına əsasən suyun çirklənmə dərəcəsini təyin etmək mümkündür.
Açıq su hövzələrində (dənizlər, göllər, çaylar) torpaq mikroorqanizmlərinə daha çox rast gəlinir.
Yaşayış məntəqələrinin ərazisində olan axar çayların suyunda insanın bağırsaq mikroflorasının növlərinə daha çox rast gəlinir. Yaşayış ərazilərindən uzaqlaşdıqca özünütənzimləmə prosesi nəticəsində onların sayları azalır. Öz-özünü tənzimləmə nəticəsində suda saprofit mikroorqanizmlərinin miqdarı da tənzimlənir.
Tənzimlənmənin başlıca səbəbi su hövzələrində olan iri hissəciklərin çökməsidir. Şəffaf su Günəş şüalarını yaxşı keçirdiyindən oradakı mikroorqanizmlərin bir qismi məhv olur və onların sayı azalır.
Çirkab suları, adətən, zərərsizləşdirildikdən sonra dəniz və çaylara axıdılır.Bu sular hövzələrin çirklənmə mənbəyi ola bilir. Ona görə də müəyyən hallarda sanitar-bakterioloji müayinə obyekti olur.
Qrunt suları torpaq qatlarından süzülərək toplandığından tərkibində mikroorqamzmlərin miqdarı az olur.
Mərkəzləşdirilmiş su kəmərlərinə ötürülən su müəyyən hövzələrdən götürülür və zərərsizləşdirilir (xlorlaşdırılır və s.). Burada mikrobioloji nəzarət mövcuddur, tənzimləmə sanitariya normalarına əsasən həyata keçirilir.
Açıq su hövzələri - çaylar, göllər, dənizlər - insan və heyvan ifrazatı ilə zəngin torpaq vasitəsilə çirkləndirilir.
Su hövzələrində öz-özünə gedən tənzimləmə prosesinə baxmayaraq, su bəzi yoluxucu xəstəliklərin mənbəyi hesab olunur. Bu xəstəliklər içərisində bağırsaq infeksiyaları xüsusi yer tutur. Su vasitəsilə yoluxan xəstəliklərə qarın yatalağı, dizenteriya, vəba, salmonelloz və s. aiddir. Tarixdən də məlumdur ki, vaxtilə vəba xəstəliyi su ilə yayılaraq pandemiyalara səbəb olmuşdur.
Ölkəmizdə su təchizatı üzərində daimi nəzarət həyata keçirilir. Suyun sanitar göstəricisi bağırsaq çöpləridir. 1 ml suda olan bağırsaq çöplərinin sayı (mikrob ədədi) 100-dən artıq olmamalıdır.
İstehlakçılara verilən içməli su Dövlətlərarası Standartlara uyğun olaraq, orqanoleptik (iy, dad, rəng, bulanıqlıq və s.), fiziki-kimyəvi, sanitar-bakterioloji normalara cavab verməlidir. Bu gün mənbələrdə təmizləndikdən sonra paylayıcı şəbəkələrə ötürülən içməli suyun orqanoleptik və sanitar-bakterioloji (bağırsaq çöplərinin sayı, ümumi bakteriyalar, viruslar və s.) göstəriciləri Dövlətlərarası Standartlara tam uyğundur.
Suda olan mikroorqanizmlərin zərərsizləşdirilməsi üçün sterilizasiya və dezinfeksiya üsullarından istifadə olunur. Suyun qaynadılması oradakı mikroorqanizmləri və onların sporlarını, əsasən, məhv edir. İri yaşayış məntəqələrinin su təchizatı üçün istifadə olunan mənbələrdə su, əsasən, xlorlaşdırılmaqla zərərsizləşdirilir. Bu məqsədlə bəzən ozonlaşdırma da tətbiq edilir.