İbn Xəldun sultanın Qahirəyə geri dönməsindən sonra faktiki olaraq onu əvəz eləməli oldu. Həmin vaxt isə Əmir Teymur şəhər ətrafında mühasirə halqasını daraltmaqda davam edirdi. Əmir Teymurun qoşunu hər an şəhərə hücum edərək onu ala və yerləyeksan edə bilərdi. Belə bir vəziyyətdə İbn Xəldun iki yoldan birini seçməli idi: O ya düşmənlə son nəfəsə kimi döyüşmək, ya da Əmir Teymurla barışmaq barədə qərar qəbul etməli idi. Əmir Teymurla döyüşmək mənasız idi. 

Çünki onsuz da onunla bacara bilməyəcəkdilər. Döyüş şəhərin Teymurun əsgərləri tərəfindən alınması və yandırılması, əhalinin isə qətli ilə nəticələnəcəkdi. Əmir Teymurla bacara bilməyəcəklərini anlayan İbn Xəldun sonda onun yanına elçilər göndərmək və elçi heyətində özünün də iştirak etməsi barədə qərar qəbul etdi. Ətrafındakılar ona belə bir qərar qəbul etməzdən əvvəl Qahirəyə — sultanla məsləhətləşmək təklifini etdilər. İbn Xəldun isə onlara cavabında bildirdi ki, sultanla məsləhətləşmək yaxşı olardı. Ancaq vaxt gözləmir. Adamımızı Qahirəyə göndərmək və oradan sultanın yeni qərarını alıb gətirmək çox vaxt aparacaq. Bir də biz indiki vəziyyətdə onsuz da Əmir Teymurdan zəifik və insanları mənasız qırğına verməyə ehtiyac yoxdur. İbn Xəldun belə hesab edirdi ki, sultanın özü də qəbul etdiyi qərardan razı qalacaq. 

1400-cü ildə İbn Xəldun elçi qismində Əmir Teymurla görüşdü. O, Əmir Teymurdan Dəməşq əhalisinə qarşı qırğınlar törətməməsini xahiş edərək bildirdi ki, onlar böyük hökmdarın təbəəliyini qəbul etməyə hazırdırlar. Teymur İbn Xəldunun dərrakəsinə və ağlına heyran qalmışdı. Böyük türk hökmdarlarından olan və tarixdə özündən sonra şanlı və şərəfli bir iz qoyan Əmir Teymur iki həftə İbn Xəldundan bölgə ölkələri barədə məlumat aldı. Əmir Teymurun bölgə ölkələri ilə marağını nəzərə alaraq, İbn Xəldun ona bu ölkələrin tarixi əraziləri, əhalisi, məşğuliyyətləri haqqında yazılı şəkildə geniş məlumat verdi.

Bununla bağlı tarixi mənbələrin verdiyi məlumata görə, Hələb, Həma və Xümsü bir-birinin ardınca ələ keçirən Əmir Teymur 1401-ci ilin yanvar ayında Şama yaxınlaşdı. Məmlük ordusu məğlub oldu. Sultan Fərəc şəhəri tərk edib, Qahirəyə qaçdı. Sağ qalanlar isə Şam qalasına sığındılar. Şam mühasirədə olarkən Əmir Teymurun yanına şəhərə aman verməsi üçün bir heyət gəldi. İbn Xəldun da bu heyətin tərkibində idi. Əmir Teymur İbn Xəldunu xoş rəftarla qarşıladı. Əmir Teymurla aralarında Məğribin vəziyyəti, tarix və digər mövzularda söhbət oldu. Əmir Teymur İbn Xəlduna hörmət göstərmiş, hətta Misirə geri qayıtmasına icazə vermişdi (Mənbə Gastin Marozzi: “Tamerlan”, “Qanun” nəşriyyatı. Əmir Teymurun vəsiyyətlərı, “Qanun” nəşriyyatı. az.wikipedia.org/wikiibn_Xeldun).

Əmir Teymurla keçirdiyi görüşlər barədə İbn Xəldun özünün avtobiqrafiyasında geniş yazıb. İbn Xəldun avtobioqrafiyasında Əmir Teymurun Dəməşqi talan etməsi və şəhərdə baş verən böyük yanğın haqqında da ətraflı məlumat verib.

İbn Xəldun 1401-ci ilin martında Qahirəyə geri döndü. Sonrakı beş ilini avtobioqrafiyasını və dünya tarixindən bəhs edən əsərini tamamlamağa sərf etdi və eyni zamanda müdəssirlik və qazılıq vəzifələrini də yerinə yetirdi. Altıncı dəfə Maliki qazısı təyin edilməsindən bir ay sonra 17 mart 1406-cı ildə vəfat etdi və Nəsr qapısının yanında Sufiyyə qəbiristanlığında dəfn edildi.  

İbn Xəldun saray mühitində fəaliyyətini davam etdirdiyindən böyük və tarixi şəxsiyyət olmaqla bərabər, həm də siyasi baxımdan ziddiyyətli insan olub. Bu da onun daim saray mühitində intriqalar içərisində olmağından və özünü müdafiə etmək üçün rəqiblərini müxtəlif yollarla aradan qaldırması ilə əlaqədardır. 

Məsələnin bu tərəfinə diqqəti cəlb edən, Misirdə hakimlik etmiş olan Məhəmməd Abdullah İnan bioqrafiyasında İbn Xəldunun bəzi cansıxıcı xüsusiyyətləri haqqında belə yazır: “İbn Xəldun bir opportunist idi. O özünü müdafiə etmək və rəqiblərini aradan qaldırmaq məqsədi ilə istənilən addımı atırdı. O, əlinə düşən imkanlardan məharətlə rəqiblərinə qarşı istifadə etməyi bacarırdı. O, məqsədinə çatmaq üçün istifadə etdiyi ədalətsiz tədbirləri özünümüdafiəyə xidmət etdiyini söyləyərək, bununla özünə haqq qazandırırdı”.  

Məhəmməd Abdullah İnan yazır ki, İbn Xəldun hər zaman qalib gələnin tərəfini tuturdu. Onun sözlərinə görə, İbn Xəldun öz məqsədinə çatmaq üçün sarayda istənilən adamı qurban verməyə hazır idi. 

Rosenthal isə yazır ki, bütün dahi insanlar kimi İbn Xəldunun da davranışları və hərəkətləri çaşqınlıqdan uzaq idi… O özünü müdafiə etmək üçün istənilən vasitəyə əl atmağa hazır idi. O həmçinin qeyd edir ki, İbn Xəldun bütün zamanların ən böyük şəxsiyyətlərindən biri olmasına baxmayaraq, şikayətləndiyi intriqalar, onun öz intriqalarına verilən cavabdan başqa bir şey deyildi. 

İbn Xəlduna böyük şöhrət gətirən onun yazdığı Kitabul-İber tarixi əsəridir. İbn Xəldun bu əsərində dövrün tarixi, siyasəti, iqtisadyyatı idarə etməyi və tarixin digər məqamlarına aydın şəkildə işıq salıb. Kitabın tam adı belədir: “Ərəblərlə ərəb olmayanların, bərbərlərin və eyni dövrdəki böyük qüdrət sahiblərinin müharibələrinə aid mənbə, xəbərləri toplayan və rəy bildirən kitab” (Kitâbu’l-Iber ve Dîvânu’l-Mubtede’ ve’l-Haber fî Eyyâmi’l-Arab ve’l-Acem ve’l-Berber ve men ‘Asarahum min zeviyiyî’s-Sultâni’l-Ekber). Əsər ön söz, giriş və müqəddimə də daxil olmaqla 7 cilddən ibarətdir. Kitabda ərəb tarixi ilə yanaşı, fars, yəhudi, qədim Misir, türk və franklar kimi bir sıra toplumların tarixindən, o cümlədən Əməvi və Abbasilər tarixindən də bəhs olunur. 

İbn Xəldun Kitabul-İber tarixi əsərinin əvvəlində yazır: “Bil ki: tarix elmi millətlər və qövmlərin bir-birindən nəql və rəvayət etməkdə olduğu elmlərdəndir. Tarixi öyrənmək üçün atlara üzəngilər, dəvələrə səmərlər bağlanaraq (minik heyvanlarına minərək) səfərlərdə qocalırlar. Xalq və heç bir şeyə önəm verməyən qafillər belə, tarix öyrənmək istəyirlər. Hökmdarlar və Yəmən hökmdarları Kayllar tarix öyrənmək üçün bir-biriləri ilə yarışırlar. Onu anlamaq cəhətdən alimlər və cahillər bir-birinə bərabərdir. Tarix zahirdən baxıldığında keçmişdəki hadisələrin, dövlətlərin vəziyyətlərinin və keçən dövrdəki xəbərlərin o tərəfinə keçməz. 

Tarixdə sözlər istinadlarla nəql olunur və tarixi hadisələrlə məsələlər zərb olunur. Məclislər camaatla dolu olduqda tarixi hadisələr nəql edilərək yığıncaqlar təzələnir, dinləyənlər xoşlanar və rəğbətlə istirahət edərlər. Tarix insanların və qövmlərin hal və vəziyyətlərinin necə dəyişmiş olduğunu, dövlət sərhədlərinin necə genişlənmiş, qüvvət və qüdrətlərinin necə artmış olduğunu, ölüm və dağılma çağı gələnə qədər yer üzünü necə abad etdiklərini bizə bildirir. Bu, tarixin zahiri mənasıdır. Tarixin içində gizlənən məna isə araşdırmaq, düşünmək, araşdırmaqdan və varlığın (kainatın) səbəb və xəstəliklərini diqqətlə anlamaq, hadisələrin baş verməsi və gedişatının səbəb və tərtibini araşdırıb bilməkdən ibarətdir. Bax buna görə tarix şərəflidir və hikmətin içinə qərq olmuşdur. Buna görə də tarix hikmət və fəlsəfə elmlərindən biri hesab olunmağa layiqdir