Ağdamda dünyada ikinci çörək muzeyinin açılması ideyası 1982-ci ildə Ağdam Rayon Partiya Komitəsinin birinci katibi işləmiş Sadıq Murtuzayevə məxsusdur. Muzey ilk qonaqlarını 1983-cü il noyabrın 25-də qəbul edib. Çörək Muzeyinin yerləşdiyi dəyirman XIX əsrin sonlarında rayonda adlı-sanlı nəsildən olan Məhəmməd Qarayev tərəfindən inşa etdirilib. 

 
Dəyirman mədəniyyət abidəsi kimi dövlət tərəfindən qorunub. Kompleksə karvansara da daxil olub.  Sovet illərində “Dəyirman həyəti” adlandırılan bu ərazidəki karvansara yaşayışa uyğunlaşdırılıb və yerli sakinlərin istifadəsinə verilib. 1987-ci ildə dəyirman tam işlək vəziyyətə gətirilib. 
 

Muzeyin tərtibatı işləri ilə Mədəniyyət Nazirliyinin  bədii tərtibat qrupu məşğul olub. Üç əsas bölmədən ibarət olan muzeyin girişi bilavasitə yay salonuna açılıb.  Salonun ortasında  kiçik fəvvarə olub.  Buradan “Sünbül” kafesinə, mətbəxə və iki kiçik  yeməkxanaya yol olub. Salonun girişindən solda sərgi salonu yerləşib. 

 
Muzeyin ən qədim eksponatı - eramızdan əvvəl VII minilliyə aid daşlaşmış buğda  toxumları vaxtilə böyük maraq doğurub. Bu toxumları muzeyə akademik İmam Mustafayev təqdim etsə də, onları tanınmış arxeoloq İdeal Nərimanov Ağdamın Afətli kəndi ərazisindəki təpədə qazıntı işləri zamanı aşkar edib. 
 

Ermənistan silahlı qüvvələrinin hücumları zamanı muzey iki dəfə mərmi zərbəsindən ziyan çəkib. Birinci mərmi sərgi salonuna düşsə də partlamayıb. İkinci mərmi  1992-ci il avqustun 12-də saat 16:40-da muzeyi viran qoyub. Qarabağ rayonlararası  prokurorluğunun böyük müstəntiqi Zahid Vəliyev 64525 nömrəli cinayət işinin materiallarında bildirir ki, 1992-ci il  avqustun 12-də Ağdam şəhəri keçmiş Əsgəran rayonunun Xanabad və Naxçivanik kəndləri tərəfindən güclü raket və artilleriya atəşinə tutulub. Nəticədə raketlərdən biri Çörək Muzeyinə düşüb. Məhz bu mərmi muzeyin mövcudluğuna son qoyub. Yanğını söndürmək cəhdləri səmərəsiz olub. Nəticədə  muzeydə 1500-ə qədər eksponat yanıb külə dönüb.