Bütün cisimlər ən xırda hissəciklərdən – atomlardan ibarətdir. Daha dəqiq desək, təkcə atomlardan deyil, atom qruplarından. Belə atom qruplarını molekul adlandırırlar. Axı, təbiətdə atom tikintidə inşaat materialı kimi bir şeydir. İnşaat materialının bir neçə növündən – kərpicdən, taxtadan, tirdən, şalbandan yüzlərlə müxtəlif evlər tikirlər. Təbiət və insan isə təxminən 90 növ atomdan yüz minlərlə müxtəlif maddələr düzəltmişlər. Hər bir maddədə atomlar müxtəlif qruplarda birləşərək, müxtəlif molekullar əmələ gətirir. 

Hər maddənin öz molekulları vardır. Onlardan bəziləri çox bəsitdir. Məsələn, oksigenin molekulu iki oksigen atomundan, hidrogenin molekulu isə iki hidrogen atomundan ibarətdir. Bunlar bəsit maddələrdir. Lakin hidrogeni oksigenlə qarışdırıb qızdırsaq hidrogenin və oksigenin molekulları əvvəlcə atomlara parçalanacaq, sonra isə birləşərək suyun molekullarını əmələ gətirəcək. Su isə mürəkkəb maddədir. 

Karbon və hidrogen atomlarından ibarət olan molekullar daha maraqlı xassələrə malikdir. Hazırda 3 milyona qədər belə molekul olsa da alimlər daim yenilərini kəşf edir və ya onları süni surətdə alırlar. Bəs nə üçün yalnız iki növ atom bu qədər maddə, çoxlu müxtəlif molekul əmələ gətirir? Ona görə ki, belə molekullar karbon və hidrogenin müxtəlif sayda atomlarından təşkil oluna bilər. Əgər dörd hidrogen atomu bir karbon atomu ilə birləşsə metan qazı əmələ gələr. Bu qazdan qaz plitələrində istifadə olunur. Altı karbon atomu altı hidrogen atomu ilə birləşdikdə isə benzol alınır. Molekulda təkcə atomların sayı deyil, həm də onların necə yerləşməsi vacibdir. Məsələn, butan və izobutan kimi iki müxtəlif maddə mövcuddur. Onlar molekullarla eyni sayda atomlardan – dörd karbon və on hidrogen atomundan təşkil olunmuşdur. Lakin bu atomlar butanda zəncirvarı düzülmüşdür, izobutanda isə sanki üçbucaq şəkilli ulduzlar kimi yerləşir. 

Daha mürəkkəb molekullar mövcuddur. Zülal, kauçuk, ağac və bir çox sintetik materialların molekulları yüzlərlə, hətta minlərlə atomdan ibarətdir. Maddələrin xassələri, ilk növbədə, onların molekullarının xassələrindən asılıdır. Əgər molekullar arasındakı rabitə zəifdirsə, onlardan ibarət maddə qaz halında olacaqdır (məsələn, su buxarı). Onun molekulları sürətlə və sərbəst hərəkət edir və yalnız təsadüfən bir-biri ilə toqquşur. Su buxarını soyutduqda suyun molekulları yavaş hərəkət edəcək, bir-biri ilə birləşəcək və buxar mayeyə çevriləcəkdir. Mayedə molekullar daha sıx yerləşir, lakin hər halda onlar müəyyən qədər sərbəst hərəkət edə bilir. Əgər temperaturu sıfır dərəcəyədək azaltsaq, su donar və bərk kristal maddə - buz əmələ gələr. Buzda isə suyun molekulları, demək olar ki, ancaq öz yerində rəqs edə bilər. 

Molekullarda çoxlu çevrilmələr baş verə bilir. Bu çevrilmələrə kimyəvi reaksiyalar deyirlər. Onların vasitəsilə yeni maddələr və materiallar almaq mümkündür.