Məsud Pənahi 10 yanvar 1943-cü ildə İranın Zəncan şəhərində doğulub. Yazıçı və şair Abbas Pənahi Makulu onun atası olub. 1946-ci ildə Pənahi ailəsi ilə Bakıya köçüb.

Pənahi 1966-cı ildə Əzim Əzimzadə adına Rəssamlıq Məktəbini, 1972-ci ildə isə Ümumittifaq Dövlət Kinematoqrafiya İnstitutunun (ÜDKİ) rəssamlıq fakültəsini və ÜDKİ-nin nəzdindəki animasiya üzrə quruluşçu-rejissor kurslarını bitirib. Məsud Pənahi animasiya kinosunun rejissorlarından İvan İvanov və Fyodr Xitrukdan dərs alıb.

1973-cü ildən 1979-cu ilə kimi Cəfər Cabbarlı adına “Azərbaycanfilm” kinostudiyasında animasiya filmlərinin rejissoru və rəssamı kimi çalışıb. Həmin illər ərzində bir neçə animasiya kursları təşkil etmiş, onlarla animasiya mütəxəssisi yetişdirmişdir.

1974-cü ildə Bakıda keçirilən VII Ümumittifaq festivalında “Bulud niyə ağlayır” multfilminə görə 1-ci mükafata layiq görülüb. 1979-cu ildə isə Aşqabadda keçirilən XII Ümumittifaq kino festivalında “Qız qalası əfsanəsi” multfilminə görə iştirak diplomu ilə təltif edilib.

1979-cu ildən Almaniyada yaşayır. Berlin Mərkəzi Telestudiyasında və müxtəlif animasiya studiyaları nəzdində 60-a yaxın animasiya filmlərinin çəkilişlərində iştirak edib. M. Pənahinin son işlərindən biri Berlindəki Azərbaycan diasporasının dəstəyi ilə 2012-ci ildə çəkilmiş̧ və Xocalı şəhərində baş vermiş̧ faciədən bəhs edən “Sükutun pozulması” (“Zerstörter Friede”) animasiya filmidir.

2018-ci ildə Məsud Pənahi 1-ci ANİMAFİLM Beynəlxalq Animasiya Festivalının “Azərbaycan animasiyasına verdiyi töhfəyə görə” “Qızıl qayıq” mükafatı ilə təltif olunub. 2019-cu ildə həmin festivalın beynəlxalq münsiflər heyətinin sədri olub.

2020-ci ildə Almaniyanın Berlin şəhərində Məsud Pənahinin “Rezin xoruz” adlı avtobioqrafik kitabı nəşr olunub. 2022-ci ildən Azərbaycan Animasiya Assosiasiyasının üzvüdür.