1966-cı ildə yaradılan Bakı Metropoliteni İdarəsi tərkibində 6 xidmət - hərəkət, hərəkət qatarları, yol və tunel qurğuları, sanitariya texnikası və elektromexanika, işarəvermə və rabitə, material-texniki təminat xidmətləri olmaqla, Yaxın Şərqdə ilk, postsovet məkanında isə beşinci metropoliten oldu.

1967-ci il noyabrın 6-da 5 stansiyadan ibarət - «Bakı Soveti» (indiki - «İçərişəhər»), «Sahil», «28 Aprel» (indiki - «28 May»), «Gənclik» və «Nəriman Nərimanov» 9,2 km-lik yeraltı xətt istifadəyə verildi. Üçü dərin özüllu olan bu stansiyalar arasında müntəzəm hərəkət təmin olunduqdan üç ay sonra, 1968-ci il fevralın 22-də “28 May-Xətai” xətti üzrə ilk qatar hərəkətə başladı. Bununla da, “28 May” stansiyası “Nəriman Nərimanov” və “Xətai” stansiyalarına, eləcə də əks istiqamətdə hərəkət edən sərnişinlər üçün keçid stansiyasına çevrildi.

1972-ci il noyabrın 6-da bu istiqamətdəki 5,3 kilometrlik metro xətti qəsəbənin mərkəzi hissəsinə gəlib çıxdı. Həmin gün “Məşədi Əzizbəyov” (indiki - “Koroğlu”), “Avrora” (indiki - “Qara Qarayev”) və “Neftçilər” ilk sərnişinlərini qəbul etdi. 120 min əhalisi olan yaşayış massivi şəhərin mərkəzi ilə birləşdirildi.

Metro 1975-ci ildən Bakı Xalq Deputatları Sovetinin İcraiyyə Komitəsinin tabeliyindən çıxarılaraq, SSRİ Yollar Nazirliyinin idarəçiliyinə verildi.

1976-cı ildə ikinci növbənin “28 May-Nizami” mənzilində işlər davam edirdi. Uzunluğu 2.26 km olan bu xəttin “Nizami” stansiyası qapılarını sərnişinlərin üzünə dekabrın 31-də açdı. Bu xəttin davamı olan 6,5 km-lik “Nizami-Memar Əcəmi” sahəsinin “Elmlər Akademiyası”, “İnşaatçılar”, “XI Qızıl Ordu meydanı”» (indiki - “20 Yanvar”) və “Memar Əcəmi” stansiyaları 1985-ci il dekabrın 30-dan istifadəyə verildi.

Bundan sonra tikintidə üçüncü növbənin Şərq sahəsində işlərin sürəti artırıldı və 1989-cu il aprelin 28-də “Xalqlar Dostluğu” və “Əhmədli” stansiyaları açılmaqla metropoliten xətlərinin uzunluğu daha 3,3 km artdı.

Sahənin sonuncu “Həzi Aslanov” stansiyası 2002-ci il dekabrın 10-da istifadəyə verildi. Buna qədər isə 1993-cü ildə “28 May” stansiyasının yenidən qurulması üzrə layihə işlərinin bir qolu olan “Cəfər Cabbarlı” keçid stansiyası istismara verildi.

Müstəqillik dövründə ölkə iqtisadiyyatının inkişafında dönüş ili olan 2006-ci ildən metronun yeni xətlərinin tikintisində də müsbət dəyişikliklər yarandı. Şimal sahəsinin tikintisində yarımçıq qalmış işlərə təkan verildi. 2008-ci il oktyabrın 9-da “Nəsimi” stansiyası yeraltı sərnişin konveyerinə qoşuldu. Bir il sonra 2009-cu il dekabrın 30-da “Azadlıq prospekti” stansiyası və “28 May” stansiyasının ikinci çıxışı təhvil verildi. 2011-ci il iyunun 29-da Bakının 7-ci mikrorayonunda növbəti, sayca 23-cü olan “Dərnəgül” stansiyası sərnişindaşıma prosesinə qoşuldu. Bununla da şəhərin yeraltı yollarının uzunluğu 34,63 km-ə çatdı.

2015-ci il dekabrın 28-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin iştirakı ilə “Elmlər Akademiyası” stansiyasının ikinci çıxışının açılışı oldu. 2016-cı il aprel ayının 19-da isə Bakı metropoliteninin perspektiv inkişaf planının birinci prioritet istiqamətinə daxil olan Bənövşəyi xəttin “Avtovağzal” və “Memar Əcəmi” stansiyaları sərnişinlərin istifadəsinə verildi və bununla da metropoliten xətlərinin uzunluğu 36,6 kilometrə, xətlərinin sayı 3-ə, stansiyalarının sayı 25-ə çatdırıldı.