1826-cı ildə Azərbaycan torpaqlarına yiyələnmək uğrunda çar Rusiyası ilə İran arasında yeni - ikinci müharibə başlandı. Şəmkir və Gəncə döyüşlərini qələbə ilə başa çatdıran Rusiya qoşunları dördüncü dəfə İrəvan xanlığına soxuldu. 1827-ci ilin oktyabrında Naxçıvan və İrəvan xanlıqlarını da işğal edən rus qoşunlarının cənuba yürüşü başlandı. Çox keçmədən Təbriz və Mərənd işğal edildi. Məğlub olan Qacar qoşunlarının baş komandanı, şahzadə Abbas Mirzə geri çəkilməyə məcbur oldu və sülh danışıqları üçün general Paskeviçə müraciət etdi. Naxçıvan və İrəvan xanlıqlarını tutmaqla işğal kampaniyasını bitirdiyini hesab edən çarizm sülh danışıqlarına başlamağı qərara aldı. 1827-ci il noyabrın 6-da general Paskeviç və İran şahzadəsi Abbas Mirzə arasında Dehqarğanda sülh danışıqları başlandı. A.Bakıxanovun da tərcüməçi kimi iştirak etdiyi bu danışıqlar iki ay davam etmiş, lakin Paskeviçin “müharibə və ya təzminat” şərtindən sonra uğursuz nəticələnmişdi. Hücumları davam etdirərək Urmiya, Ərdəbil, Miyanəni işğal edincə Rusiya qoşunlarının Tehrana yolu açılmış oldu. Şah sülh danışıqlarını bərpa etməyə məcbur oldu.

Aparılan sülh danışıqları 1828-ci il fevralın 9-dan 10-na keçən gecə Təbriz yaxınlığındakı Türkmənçay kəndində şahzadə Abbas Mirzə ilə general Paskeviç arasında 16 maddəlik müqavilənin imzalanması ilə nəticələndi:

Türkmənçay müqaviləsi 1813-cü ildə imzalanmış Gülüstan müqaviləsini təsdiq etməklə yanaşı, İrəvan və Naxçıvan xanlıqlarının da Rusiya imperiyasına birləşdirildiyini elan etdi.

Müqavilə Azərbaycanın iştirakı olmadan çar Rusiyası və İran arasında imzalanıb. Türkmənçay müqaviləsi Azərbaycan torpaqlarının rəsmi olaraq ikiyə bölünməsinin əsasını qoymuş, ilk dəfə olaraq Şimali Azərbaycan və Cənubi Azərbaycan terminləri ortaya çıxmışdır. Müstəqilliyini itirən Azərbaycan iki müxtəlif dövlətin tərkibində fərqli inkişaf yoluna qədəm qoyub.

Müqavilənin şərtlərinə görə İran Rusiyaya 20 milyon gümüş rubl həcmində müharibə təzminatı ödəməli, Araz çayının sol sahilindəki bütün ərazilərdən əl çəkməli, Qafqaza olan bütün haqq və iddialarından imtina etməli idi. Xəzər dənizində hərbi donanma saxlamaq yalnız Rusiyaya şamil edilirdi.

Müqavilə nəticəsində Azərbaycanın Osmanlı dövləti ilə əlaqələri deformasiyaya uğradı və iki qardaş arasındakı münasibətlərə ağır zərbə vurulmuş oldu: Türkmənçay müqaviləsindən sonra başlayan rus-türk müharibəsində Osmanlı dövlətinə qarşı Azərbaycan əhalisindən istifadə etməklə Rusiya vəziyyəti daha da gərginləşdirmiş oldu. Ümumiyyətlə, Türkmənçay və Ədirnə müqavilələri nəticəsində Osmanlı dövlətinin Qafqazla əlaqələrinin kəsilmiş olduğunu görürük. Azərbaycan İran ilə çar Rusiyası arasında bölünməklə bölgədə uzun müddət davam edəcək Rusiya hökmranlığı dövrü başlamış oldu.

Müqavilənin səbəb olduğu ən vacib fəsadlardan da biri erməni problemidir. Müqavilənin XV maddəsində, Rusiya tərəfindən ilhaq edilən torpaqlara köç haqqı nəzərdə tutulduğundan on minlərlə erməni İrəvan, Qarabağ, Naxçıvan və digər ərazilərə köç etdirildi. Rusiya imperiyası özü Cənubi Qafqaza yerləşməklə yanaşı, gələcək “erməni” dövlətinin də təməlini qoymuş oldu. Bu problemin ağır nəticələri indi də davam etməkdədir.

Müqavilə imzalandığı tarixdən günümüzə qədər davam edən ağır fəsadlarla müşayiət olunub və bu fəsadların aradan qaldırılması isə müşkül bir işə çevrilib. 1991-ci ildə Azərbaycan müstəqillik əldə etdikdən sonra Türkmənçay müqaviləsinin Azərbaycan üçün hökmü aradan qalxıb və müqavilə öz əhəmiyyətini itirib.