Область Малого Кавказа занимает юго-восточную часть горной системы Малого Кавказа. Самая высокая вершина территории - Гямышдаг (3724 м), расположенная на Муровдагском хребте. Наименьшая высота на берегу реки Араз в Зангиланском районе (300 м).

Протянувшийся в широтном направлении Муровдагский хребет разделяет область на северо-восточную и юго-восточную части. К северо-западу от Муровдага протянулся Шахдаг, юго-западу - Восточная Гейча, а на юге - Гарабагский хребет.

К западу от Гарабагского хребта расположено Гарабагское вулканическое нагорье. Здесь встречаются вершины потухших вулканов. На Малом Кавказе широко распространены вулканические породы нижнего палеозоя, мезозоя и четвертичного периода кайнозоя.

Область Малого Кавказа является активной сейсмической зоной. Территории, где магматические породы выходят на поверхность, богаты рудными полезными ископаемыми. Широко распространены строительные материалы и минеральные воды.

В области Малого Кавказа показатели климата изменяются с высотой. Среднегодовая температура воздуха составляет 10°С - 0°С, среднегодовое количество осадков от 400 мм до 1000 мм.

Густота речной сети в области большая. Реки относятся к бассейнам Куры и Араза. Реки, протекающие по Вулканическому нагорью, питаются в основном подземными водами (Тертер, Акера и др.), а остальные - снеговыми и дождевыми. Малый Кавказ славится живописными озерами. На Вулканическом нагорье Беюк и Кичик Алагель, Гарагель, на Муровдаге Маралгель расположены в горно-луговом ландшафте, а вокруг озера Гейгель - лесной ландшафт.

В области Малого Кавказа широко распространены каштановые, черноземные, коричневые и бурые горно-лесные, горно-луговые почвы. На этих почвах сформировались степные растения, леса и кустарники, субальпийские и альпийские луга. На территории распространены горно-степной, горно-лесной, горно-луговой и частично субнивальный ландшафты.