Qarabağ xanlığının əsasınını qoyan Pənahəli bəyin oğlu İbrahimxəlil xan təxminən 1726-cı ildə Şuşa yaxınlığında doğulmuşdur. 1763-1806-cı illərdə Qarabağ hakimi olmuşdur. İbrahimxəlil xanın dövründə isə Qarabağ xanlığı daha da güclənmiş, şəhərin dövrəsinə möhtəşəm qala divarları çəkilmişdi. 

İbrahimxəlil xan məlikliklərin xəyanətinə, qonşu xanlıqların hücumlarına son qoymaqdan ötrü Avar xanlığı, Gürcü çarlığı və Şəki xanlığı ilə qohumluq əlaqələri yaratdı. Öz qohumu Əsədulla bəyi Təbrizini xan taxtına çıxartdı. Tezliklə Naxçıvan, Qaradağ və bəzi digər xanlıqlar Qarabağ xanından asılı vəziyyətə düşdülər. İbrahimxəlil xan 1780-ci ildə müttəfiqi Kartli-Kaxetiya çarlığı ilə birlikdə Gəncəyə hücum edib xanlığı bölüşdürdü. İbrahimxəlil xanın belə güclənməsi bütün Azərbaycanı birləşdirməyi qarşısında məqsəd qoyan qubalı Fətəli xanın planlarına uyğun deyildi. Bu da öz növbəsində iki Azərbaycan xanlığının toqquşmasına gətirib çıxartdı. Bu qarşıdurmada üstünlük Quba xanlığının tərəfində olsa da, Kartli-Kaxetiya çarlığının yaxından köməkliyi Qarabağı Quba təhlükəsindən qurtarmış oldu.

Onun hakimiyyəti dövründə şəhərin Gəncə qapıları yaxınlığında uca bir təpənin üstündə bütün zəruri memarlıq ünsürlərinə malik olan “İç qala” tikilmişdi.

Azərbaycanın qədim feodal dövləti Qarabağ xanlığı dəfələrlə yadelli işğalçıların hücumlarına məruz qalmışdır. Xüsusilə, İran şahı Ağa Məhəmməd şah Qacarın XVIII əsrin ikinci yarısındakı hücumları daha ağır olmuşdur. Qacar müharibələr üçün ondan atlılar və vəsait tələb edirdi. Ona görə də İbrahimxəlil xan rus çarından himayə istəməyə məcbur olur. 1783-cü ildə o, Peterburqa elçilər göndərir. (Bu səhnə rəssam Q. Qaqarin tərəfindən “Qarabağ xanlığından Peterburqa elçilərin gəlməsi” əsərində təsvir olunmuşdur). II Yekaterina elçiləri qəbul edir. Elçilər Qarabağ xanı İbrahimxəlil xanın Rusiya təbəəliyinə girmək xahişini imperatriçəyə bildirirlər. Təklif anlaşıqlı şəkildə qəbul edilir. 1795-ci ildə Şah Qacar növbəti dəfə Şuşa qalasını mühasirəyə alır. Mühasirə 33 gün davam edir, 34-cü gün Qacar mühasirəni götürüb Gürcüstana gedir. 

1796-cı ildə general V. Zubov böyük qoşun dəstəsilə Şimali Azərbaycana girir. İbrahimxəlil xan vəziri - xarici işlər naziri, böyük şair Molla Pənah Vaqifi onun yanına göndərərək Qarabağın rus təbəəliyinə keçmək təklifini təkrarlayır. 1797-ci ildə Rusiyanın yeni çarı I Pavel Azərbaycandakı qoşunları geri çağırır. Bundan istifadə edən İran şahı Qacar təkrarən Qarabağa hücum edir. Ancaq bu yürüşdə Qacar öldürülür. İbrahimxəlil Qarabağa qayıdır. 1805-ci il mayın 14-də Qarabağ xanı İbrahim xanla Rusiyanın Qafqaz qoşunlarının baş komandanı general Sisianov arasında Kürəkçay müqaviləsi (“Andlı öhdəlik”) imzalanır. Bununla da Qarabağ xanlığı Rusiyanın tərkibinə daxil olur və bundan sonra Qarabağda çarizmin mövqeyini möhkəmlətmək üçün ermənilərin bura köçürülməsinə başlanır.

1806-cı ildə İran qoşunları təkrarən Qarabağa hücum edir. Rus qoşunlarının Şuşada yerləşən qarnizonunun rəisi mayor Lisaneviç xanın xəyanətkarlığından şübhələnərək İbrahimxəlil xanı və onun ailə üzvlərini güllələyir.

İbrahimxəlil xanın öldürülməsindən sonra oğlu Mehdiqulu xana I Aleksandr tərəfindən general-mayor rütbəsi verilmişdir. 1806-cı ildə Lisaneviçin nəzarəti altında Qarabağ xanlığına gətirilmişdir. Mehdiqulu xan 1822-ci ildə xanlığı tərk edərək İrana getmişdir.

Bununla da Qarabağ xanlığı ləğv olunmuşdur. Mehdiqulu xan 1845-ci ildə vəfat etmişdir.