После февральских событий 1988 года, когда областной совет народных депутатов Нагорно-Карабахской автономной области (НКАО) проголосовал за присоединение НКАО к Армении, сепаратистские группировки области и вооруженные силы Армении начали военные действия с целью захвата Нагорного Карабаха. К ним присоединились части вооруженных сил СССР, находящиеся в Армении и НКАО.
Таким образом, после распада СССР вновь повторилась ситуация, похожая на историческую ситуацию, сложившуюся в результате свержения царского правительства в феврале 1917 года. Офицеры, служившие в рядах советской армии, и бывшие советские военные части объединились против азербайджанцев и начали военные действия единым фронтом (как было в марте 1918 года в геноциде против азербайджанского народа).
Сначала были захвачены населенные пункты азербайджанцев в Нагорном Карабахе. 15 января 1992 года была захвачена деревня Керкиджахан, 10 февраля - деревни Малыбейли, Гушчулар, началась расправа над мирным и невооруженным населением, сузилось кольцо окружения Ходжалы и Шуши. Операция добровольцев Дашалты оказалась безуспешной. В середине февраля армянские и советские военные группировки захватили селение Гарадаглы. В ночь с 25 на 26 февраля произошло самое кровавое событие современной истории. Армянские военные группировки совершили жестокий геноцид против азербайджанцев в городе Ходжалы. Это самый страшный и массовый, после деяний фашистов во второй мировой войне, геноцид против человечества. Защита азербайджанским руководством в войне, направленной против территориальной целостности Азербайджана и его народа, интересов Москвы, а не собственного народа лишила его авторитета. В условиях усиления народного движения в марте 1992 года А.Муталибов, руководивший республикой, подал в отставку.
Создавшаяся пустота во власти еще более ослабила обороноспособность Азербайджанской Республики. В результате в мае 1992 года армянские военные объединения захватили и Шушу. Таким образом, армяне фактически оккупировали территорию всего Нагорного Карабаха. Следующим шагом стала оккупация Лачина - района, соединяющего Армению с Нагорным Карабахом. Воспользовавшись усилением споров вокруг власти в Баку, армяне захватили и Лачин. Борьба за власть, продолжавшаяся и во времена правления Народного Фронта Азербайджана, нанесла тяжелый удар по обороноспособности республики. В апреле 1993 года был оккупирован Кельбаджар. В июне в Азербайджане налицо оказался глубокий политический кризис. По требованию народа общенациональный лидер Гейдар Алиев пришел к власти. Продолжая войну против Азербайджана, в течение июля-октября 1993 года армяне захватили Агдам, Физули, Джебраил, Губадлы и Зангелан.
Организация Объединенных Наций (ООН) подтвердила ведение несправедливой войны против Азербайджана, нарушение его территориальной целостности и оккупацию азербайджанских земель со стороны армян. Совет Безопасности ООН принял четыре резолюции  (№№ 822, 853, 874, 884) об освобождении армянскими вооруженными силами оккупированных азербайджанских территорий. До сих пор ни одна из этих резолюций армянскими оккупантами не выполнена.