Pəmbək, Əlibəy, Ağmanqan, Güneydağ, Alagöllərin başı dağ silsilələrindən ayrılan çıxıntılar Göyçə hövzəsinin əsas hissəsini təşkil edir. Bölgənin ən mühüm dağ zirvələrini Pəmbək dağında Maymak, Kömürlü, Pirdağ zirvələri, Güneydağ silsiləsində Maralca, Soyuqbulaq, Kirtikdağ zirvələri, Məzrə dağlarında Keytidağ zirvəsi, Ağmanqan dağlarında isə Ağmanqan və Üçtəpələr zirvələri təşkil edir. Dağ silsilələrindən ayrılan çıxıntılar Göyçə hövzəsinin aşağı hüdudlarında iki düzənlik – Məzrə və Zəngi düzənliklərini yaradır.